Die ganze Sache ist doch ganz einfach 
Da ich gerade etwas Zeit hatte, habe ich Dir auch gleich noch ein paar Skripte geschrieben.
Zuerst einmal benötigst Du auf Deinem Linux-OS ein Java. Ich empfehle icedtea, also die Open-Source-Variante. Sie verursacht weniger Systemauslastung.
Auszug aus meinem Gentoo-Linux-OS:
* dev-java/sun-jre-bin
Available versions: (1.6) 1.6.0.24!s (~)1.6.0.25!s 1.6.0.26!s
{X alsa hardened jce nsplugin odbc}
Homepage: http://java.sun.com/javase/6/
Description: Sun's Java SE Runtime Environment
[I] dev-java/icedtea6-bin
Available versions: 1.9.7!s (~)1.10.1!s 1.10.2!s {X alsa doc examples nsplugin source}
Installed versions: 1.10.2!s(05:03:53 02.07.2011)(X alsa -doc -examples -nsplugin -source)
Homepage: http://icedtea.classpath.org
Description: A Gentoo-made binary build of the icedtea6 JDK
Bittte benutze $Suchmaschine, um Java in Deinem OS zu installieren.
Nachdem nun sichergestellt ist, dass der Befehl
installiert ist, können wir fortfahren.
Um den Minecraft-Server mit 2048MB RAM-Nutzung zu starten, verwende
/usr/bin/java -jar -Xms2048M -Xmx2048M pfad/zum/minecraftserver/craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar nogui
Wenn der Server rund um die Uhr laufen und dies auch sichergestellt werden soll, habe ich folgende Skript extra für Dich geschrieben:
#!/bin/bash
if [ -e /pfad/zum/minecraft/ordner/pidfile.pid ]; then
pid1=`cat /pfad/zum/minecraft/ordner/pidfile.pid`
var=`ps -p$pid1 | wc -l`
if [ $var -lt "2" ]; then
cd /pfad/zum/minecraft/ordner/
/usr/bin/java -jar -Xms2048M -Xmx2048M /pfad/zum/minecraft/ordner//craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar nogui 1> /dev/null 2> /dev/null & PID=$!
echo $PID > /pfad/zum/minecraft/ordner/pidfile.pid
else
exit 0
fi
else
cd /pfad/zum/minecraft/ordner/
/usr/bin/java -jar -Xms2048M -Xmx2048M /pfad/zum/minecraft/ordner/craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar nogui 1> /dev/null 2> /dev/null & PID=$!
echo $PID > /pfad/zum/minecraft/ordner/pidfile.pid
fi
exit 0
BITTE PASSE DIE PFADE AN!!!! Ich habe dieses Skript einfach start.sh genannt und in den Minecraft-Ordner geschoben.
Logischerweise ist ein
zwingend erforderlich 
Dieses Skript startet den Server und stellt sicher, dass dieser eingeschaltet ist.
Natürlich ist zur Sicherstellung ein Cronjob erforderlich
#crontab -e
*/5 * * * * /pfad/zum/minecraft/ordner/start.sh
Nun wird im 5-Minuten-Rythmus geprüft, ob der Server läuft und, wenn nicht, gestartet.
Wenn Du nun auch regelmäßig Sicherungsdateien anlegen möchtest, ist auch dies recht einfach zu bewerkstelligen:
#!/bin/bash
cd /pfad/zum/minecraft/ordner/
/usr/bin/sleep 5
kill -TERM `cat pidfile.pid`
/usr/bin/sleep 5
/bin/tar -cvzf $(/bin/date +\%d-\%m-\%Y-\%H.\%M).tar.gz world 1> /dev/null 2> /dev/null
exit 0
Nachdem Du dieses Skript ausführbar gemacht hast (chmod a+x backup.sh), kannst Du es beispielsweise regelmäßig ausführen. Zum Beispiel nachts um 3:00 Uhr:
#crontab -e
0 3 * * * /pfad/zum/minecraft/ordner/backup.sh
Du kannst es natürlich auch zu jeder anderen Zeit ausführen. Die Sicherungsdateien werden automatisch benannt.
Ich habe nichts hiervon getestet. Bitte gib Bescheid, wenn ein Skript wider Erwarten nicht funktioniert.
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