Wahrscheinlich lags an einer versteckten Partition, vorallem, wenn du den Partition master installiert hast.
Aber die BIOS Einstellungen solltest du eigentlich nicht vom OS aus einfach so ändern können.
Hast du extra Programme fürs Mainboard installiert? Manche Hersteller bieten ja sowas an, zum Overclocken etc.
War vielleicht ein "Kumpel" zu besuch und wollte dich einfach nur ärgern?
Das mit der Batterie hast du richtig gemacht, sofern alles wieder beim "alten " ist würd ich mir hier erstmal keine weiteren Gedanken machen
EDIT*
Ich war zu langsam (x
Das mit den Livesticks kann durchaus mal deine Bootreihenfolge aus der Reihe bringen, vorallem wenn das Bios plötzlich den Stick für eine HDD hält usw.